In Mass Effect 3 übernimmt der Spieler wie schon zuvor die Rolle von Commander Shepard und muss sich erneut einer Gefahr entgegensetzen. Mass Effect 3 knüpft dabei indirekt an den Vorgänger an, denn die Geschichte zwischen Mass Effect 2 und Mass Effect 3 wird über Downloadinhalte für Mass Effect 2 erzählt.