In Spider-Man: Edge of Time schlüpft der Spieler diesmal in die Anzüge zweier Spider-Man-Charaktere, nämlich Amazing Spider-Man und Spider-Man 2099. Mit ihnen muss man einen beschädigten Zeitstrahl korrigieren und eine katastrophale, tragische Zukunft abwenden, in der Peter Parker frühzeitig stirbt.
Die Geschichte stammt von Peter David, dem Mitbegründer der Comic-Serie Spider-Man 2099. Dabei versprechen die Entwickler ein völlig neues Cause-and-Effect-Gameplay - man verändert also die Welt des anderen Spider-Mans sofort und manchmal auch völlig unerwartet durch bestimmte Aktionen.
