In ihrem zweiten Abenteuer müssen Professor Layton und Luke den Tod von Dr. Schrader, dem Mentor des Professors, aufklären. Bei Dr. Schrader entdecken sie eine erste Spur: eine Fahrkarte für den luxuriösen Molentary Express, auf der merkwürdigerweise kein Fahrtziel steht. Und so treten die beiden eine Zugreise ins Unbekannte an. Wo sie hinführt, das bestimmen die Spieler: Um herauszufinden, wer oder was den Tod des Mentors verursacht hat, müssen sie Unmengen von Rätseln lösen - und die Wahrheit über die mysteriöse Schatulle der Pandora herausfinden, die noch niemand ungestraft geöffnet hat.
