Die Bruderschaft muss ausgelöscht werden, wenn die Railroad eine Überlebenschance haben soll. Desdemona stellt ihren Plan vor. Anschließend reist ihr zum Institut und begebt euch zu Z1-14, der dabei ist, Feinde über den Jordan zu schicken, damit Desdemona und die anderen Railroad-Kämpfer sich hineinteleportieren können. Sprecht mit Desdemona, die euch eine Fusionspulsladung übergibt.

Der Weg durch das Institut ist nicht leicht, ganz im Gegenteil: Unzählige Synths und Lasertürme stehen euch im Weg, also geht methodisch und vorsichtig vor, auch Schleichen ist eine gute Option, wenn das euer Stil ist. Kämpft euch bis zud er Luke vor, die euch in die Abteilung für Biowissenschaft bringt. Von hier begebt ihr euch zum Reaktor, dessen Sicherheitstür aber verriegelt wurde. Ruft den Hauptaufzug, um zu Vaters Quartier zu gelangen. Erhaltet das Passwort von ihm und benutzt es am Terminal (oder hackt es), um die Abriegelung aufzuheben.

Betretet den Reaktor und macht euch auf abermaligen heftigen Synth-Widerstand gefasst. Öffnet die Tür des Reaktors und interagiert dann mit dem Reaktor. Tinker Tom ruft euch zum Kontrollraum zurück. Sprecht mit Desdemona, doch Tom unterbricht, weil es hier einen kleinen Besucher gibt. Ihr habt zwei Optionen, mit ihm zu verfahren: Ihr könnt ihn hierlassen oder ihn zum Railroad-Hauptquartier schicken, wo sich Tinker Tom um ihn kümmern wird. Anschließend teleportiert ihr euch auf das Dach und beendet die Story, indem ihr das Institut aus dem Commonwelth entfernt.

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