Ihr müsst F.A.T.H.E.R. helfen die Datenkassette zu analysieren. Gleich zu Beginn der Mission kommt es zu kritischen Momenten, da die Systeme von F.A.T.H.E.R. überlasten. Der Virus greift die Systeme an und beginnt damit F.A.T.H.E.R. zu übernehmen. Er übernimmt die Stadt und bringt Menschenleben in Gefahr!

Da der Virus die System übernommen hat, sieht er Dr. Bartok als Gefahr an und versucht sie zu elimineren. Das gilt es zu verhindern. Bartok befindet sich in einem Gebäude im nördlichen Teil von C.O.R.E. und hat sich dort verschanzt. Ihr müsst dafür sorgen, dass sie Energie und einen Computer bekommt.

Zunächst das Energieproblem. Bartok braucht 5t Rohöl. Es gibt in der Nähe von Devis Unterwasserlabor eine alte zugeschüttete Ölquelle, die mit einem Aquadetonator wieder freilegen könnt. Diesen erhaltet ihr an Devins Arche.

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Nachdem ihr die Quelle freigelegt und eine Ölplattform auf ihr gebaut habt, könnt ihr mit der Förderung beginnen. Verbindet dazu den Untersee-Teil der Raffinerie mit eurem Unterwasserkontor und ladet dann das Öl in euer Boot. Bringt 5t zu Bartok.
Sobald das erledigt ist, erhaltet ihr den Auftrag eure Insel mit einer Rohölfabrik, einer Kohlemine und einer Karbonfabrik auszustatten. Diese benötigt ihr, da Dr. Bartok dringend 5t Karbon benötigt.

Gleichzeitig empfiehlt E.V.E. euch, euch mit Waffen auszurüsten, da F.A.T.H.E.R. euch als Feind von C.O.R.E. eingestuft habt. Baut dazu eine Eisenmine, eine Eisenschmelze und eine Munitionsfabrik. Wenn dieser Schritt geschafft ist, erhaltet ihr die Möglichkeit den immer noch kontaminierten Fisch aus der vorigen Mission wieder genießbar zu machen. Dazu lagert E.V.E. ein besonderes Fangnetz in eurem Kontor ein, das ihr mit eurem Boot benutzen könnt, um eine Kontrollgruppe von „frischem Fisch“ zu fangen. Auf dieser Basis könnt ihr ein Gegenmittel erforschen. Am besten fangt ihr frischen Fisch, wenn ihr das Karbon zu Bartok bringt. Dazu fahrt ihr einfach ein bisschen weiter aufs Meer hinaus. Der Fisch an den Küsten ist nämlich immernoch verseucht.

Wenn ihr das Karbon geliefert hat, deutet F.A.T.H.E.R. an, dass er euch in näherer Zukunft angreifen wird. Daher solltet ihr zusehen, dass ihr die Munitionsfabrik fertig gestellt habt, BEVOR ihr das Karbon liefert.

Sobald ihr die Munitionsfabrik gebaut habt, meldet sich Dr. Bartok bei euch und erklärt, dass sie alleine nicht in der Lage sei, den Antivirus zu entwickeln. Sie braucht dafür Unterstützung von Wissenschaftlern. Für euch heißt das nichts anderes, als dass ihr eure Siedlung ausbauen müsst. Und zwar müsst ihr 150 Wissenschaftler anlocken, bei euch zu wohnen. Zu diesem Zweck müsst ihr Zucker- und Kaffeeplantagen und eine Synthetisierungsanlage bauen. Falls ihr einen hohen Verschmutzungsgrad der Insel erreicht habt, achtet darauf, dass ihr genügend Farmen baut, um den Malus wieder auszugleichen.

In dem Moment, in dem genügend Wissenschaftler zur Verfügung stehen, bittet euch Bartok ein Schiff der Viper-Klasse zur Verteidigung zu bauen. Kaum fertig gestellt, meldet E.V.E. auch schon, dass ein vom Computervirus infiziertes Schiff sich auf dem Weg zu euch befindet. Gleichzeitig bittet Bartok um eine Evakuierung, da sie auf der C.O.R.E. Insel nicht mehr sicher genug ist, um den Antivirus weiter zu entwickeln.
Das erwähne feindliche Schiff darf euer Kontor nicht erreichen, da es es ansonsten ebenfalls mit dem Virus infiziert. Zerstört es mit dem gebauten Viper-Schlachtschiff. Gleichzeitig solltet ihr euren Trimaran befehlen zu tauchen und sich auf den Weg zu Dr. Bartok zu machen. Taucht mit dem U-Boot bei Bartok auf und nehmt die Datentabletts auf. Danach sofort wieder tauchen und das Boot zu eurem Kontor bringen. Wenn ihr überwasser fahren wollt, finden euch die Drohnen von F.A.T.H.E.R. und zerstören die Datenpads. Wenn das passiert, müsst ihr nochmals jeweils 5t Werkzeuge und Karbon zu Bartok liefern, damit sie eine Kopie der Daten anfertigen kann.

Wenn ihr die Daten sicher in eurem Kontor habt, könnt ihr in eurem Forschungszentrum schnell den Antivirus erforschen. Ladet ihn am besten auf euer Viper-Kriegsschiff und fahrt damit zur C.O.R.E. Insel. Ihr müsst direkt vor den großen Komplex am Ende des Hafenbeckens. Da der Rand des Beckens mit Geschütztürmen gesäumt ist, bietet es sich an diese mit der Viper-Klasse einzeln zu zerstören, bevor ihr euch in die Höhle des Löwen wagt.

Gegebenenfalls könnt ihr auch mit mehreren Schlachtschiffen angreifen, um die Abwehrstellungen schneller zu zerstören. Dann aktiviert ihr das Virus direkt vor dem großen Komplex und wartet bis der Upload fertig ist. Danach habt ihr die Mission gewonnen.

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